En av Elizabeth Is nærmeste allierte, sir Francis Walsingham, ble den moderne spionasjens far takket være et arsenal av hemmelige metoder.
Som enhver nøkkelperson fra middelalderen og tidlig moderne tid var sir Francis Walsingham definert av hvilket samfunnslag han tilhørte. Dette var en æra der politikk og religion hang tett sammen, der kriger mellom de europeiske landene handlet like mye om ideologi som om å skaffe seg materielle verdier. Walsingham ble født i 1532 og vokste opp på den tiden da Henrik VIIIs innflytelse ble stadig mindre. England var gjenfødt som et protestantisk kongedømme og kvittet seg med gammel tro til fordel for en ny verden der kongens befalinger var absolutte, nest etter Gud.
Men da kongens eneste sønn og etterfølger, Edvard VI, døde i 1553 etter kort tid ved tronen, tok hans katolske søster Maria over etter ham. Protestanter og katolikker hadde blitt tvunget til å leve i skjør harmoni etter Henrik VIIIs reformasjon i 1536. Katolikkene ble tvunget til å leve i skyggen, men Maria 1 satte i gang et hardt regime og tvang England tilbake til katolisismen. Protestantene begynte å flykte fra Marias effektive utrenskning, og Walsingham ble tvunget til å leve i eksil i Sveits.
I løpet av de neste fem årene begynte Walsingham å skaffe seg et nettverk av kontakter i Europa. Kontinentet var delt mellom gammel og ny tro, noe Walsingham benyttet seg av for å skaffe seg nøkkelallianser med europeiske protestanter og et sterkt fellesskap med andre engelskmenn som levde i eksil. Da Maria I døde barnløs i 1558, returnerte Walsingham entusiastisk til engelsk jord. Katolisismen hadde blitt synonymt med forfølgelse, og han var fast bestemt på å hjelpe landet sitt med å kvitte seg med denne byrden en gang for alle.
Da Marias halvsøster Elizabeth nå inntok tronen, hadde England en protestantisk dronning som regjerte over et land som var blitt tvunget til å underkaste seg katolisismen. Den unge dronningen ble straks et mål for attentatmenn, hun skulle fjernes fra tronen og erstattes med søskenbarnet sitt, Maria I av Skottland (Maria Stuart). I begynnelsen overvåket William Cecil (senere lord Burghley) etterretningsarbeidet, men etter hvert som planene ble mer omfattende og vanskeligere å avsløre, henvendte Elizabeth seg til mannen som hadde blitt en arketypisk spionmester: Walsingham.
I 1559 ble Walsingham medlem av dronning Elizabeths første parlament, samtidig som han jobbet for å forene nasjonen i kjølvannet av Maria 1s regjeringstid. Han gjorde alt han kunne for å støtte hugenottene i Europa og den vanskelige situasjonen til Den franske reformerte kirken. Som politiker var Walsingham smart, og han var ekspert på å spore opp forrædere og dobbeltagenter. Derfor spilte han også en essensiell rolle i å forhindre Ridolfi-sammensvergelsen i 1571, både ved hjelp av en propagandakampanje og ved å overvære avhøret av beileren til Maria I (Stuart) av Skottland.
Nå satte Elizabeths statssekretær i gang med å etablere en etterretningstjeneste for dronningen ved å knytte til seg spioner flere steder på kontinentet. Drevet av en nesten puritansk lidenskap for protestantismen brukte Walsingham spionene sine til å undersøke sine respektive lands syn på Elizabeth (til og med Romas pave ble spurt), og om det eksisterte flere sammensvergelser. Han brukte en unik tallkombinasjon til å identifisere hver enkelt kommuniké, og han grunnla til og med egne skoler for å utdanne spionene sine. De var håndplukket av Walsingham selv, ofte unge og hadde nylig hadde tatt universitetseksamen.
På 1580-tallet viste Walsinghams spionnettverk igjen hva det var godt for, da det oppdaget Throckmorton-sammensvergelsen i 1583. Spionmesteren og hans allierte oppdaget en plan om å snikmyrde Elizabeth etter en invasjon ledet av Henrik I, hertug av Guise, og finansiert av Spania. Walsingham avslørte at planen (som ville overlate tronen til Maria I av Skottland) var delvis iscenesatt av sir Francis Throckmorton, mannen til en av Elizabeths egne hoffdamer. Throckmorton ble torturert og senere henrettet. Tre år senere ble enda et kuppforsøk, denne gangen av Elizabeths katolske søskenbarn, oppdaget. En av Walsinghams dyktigste kryptografer, Thomas Phelippes, hadde dechiffrert et brev fra Maria Stuart selv, som viste at monarkens arving var innblandet i en sammensvergelse mot den jomfruelige dronningen. Filip II av Spania sto klar til å invadere England etter det planlagte angrepet (noe han senere gjorde uansett sammen med den fortapte spanske armada). Walsingham overbeviste Elizabeth om at Maria ville fortsette å skape slike sammensvergelser så lenge hun var i live, og hun ble henrettet i februar 1587.
Da sir Francis Walsingham døde i 1590, hadde han bygget opp Englands første, ordentlige etterretningsbyrå og sikkerhetstjeneste. Han hadde etablert et nasjonalt og et internasjonalt spionnettverk, langt forut for sin tid, og brukt enhver tenkelig metode – fra tortur til propaganda – for å lage en portefølje som bidro til at Elizabeth døde av naturlige årsaker i stedet for å bli myrdet.
